環状オリゴ合成サービス

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環状オリゴヌクレオチド合成概要と電気泳動像とDNA二重らせん

Circular Oligonucleotide Synthesis

一本鎖の環状DNAや環状RNAオリゴヌクレオチドは、一本鎖のDNAやRNAのターゲットと三重構造を形成するように設計されています。これらの環状オリゴヌクレオチドの多くは、直鎖オリゴヌクレオチドと比較して、高い親和性、配列選択性、ヌクレアーゼに対する耐性を有しています。これらの合成環状DNA ･ RNAオリゴヌクレオチドを、バイオシンセシス社により、部分的に保護された線状前駆体から溶液および固相合成法を用いて化学的に合成するサービスを提供いたします。直鎖状DNAを除去した後、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動(PAGE)により、円形オリゴヌクレオチドは>95%の純度で精製されます。環状についてはエキソヌクレアーゼによる切断で判断します。最終的には、独立したQA手順を適用して、それぞれの円形オリゴヌクレオチドの品質を保証しています。

環状オリゴ概要

  • 長さ – 35 to 200 mers
  • 供給量 – 100, 200, 500 pmole
  • 精製 HPLC or PAGE purified
  • 品質確認 – MSとPAGE オプションで追加QAも

環状オリゴヌクレオチド – A New Concept for Molecular Diagnostic

サーキュラーオリゴヌクレオチドは、DNAやRNAの鋳型として機能し、ローリングサークルPCR法で円形配列の長い繰り返しコピーを作ることができます。円形オリゴヌクレオチドを用いたその他の戦略は、診断や治療への応用において興味深い特性を示しております。

  • 環状オリゴヌクレオチドを用いたアンチセンス
  • 二本鎖DNAの結合
  • miRNAのデリバリーベクター
  • ニッキング酵素を用いたDNAフラグメントのアセンブリー
  • 診断法
  • DNAポリメラーゼ阻害
  • DNAの構造研究
  • DNA ･ RNAポリメラーゼのための効率的なテンプレート
  • ヘアピンモチーフの設計 ･ 研究
  • ライゲーション非依存的クローニング (LIC)
  • “Caged”環状オリゴヌクレオチドを用いた遺伝子発現の制御
  • 変異の検出
  • パドロックプローブ
  • DNA-タンパク質間相互作用のプローブ
  • 配列に依存したDNAの屈曲 ･ 柔軟性の定量化
  • RNAポリメラーゼ阻害
  • ローリングサークル増幅 (Rolling Circle Amplification (RCA))
  • 1分子計測
  • 特定遺伝子の発現
  • 非正規のDNA構造モチーフの研究
  • 連結型ポリペプチドの合成
  • トポロジカル修飾
  • 三重らせんの形成
  • ユニークなDNA認識特性

References
1. Diegelman, A. M. and Kool, E. T. (2000) Chemical and enzymatic methods for preparing circular single-stranded DNAs. In Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry, vol. 2 (Beaucage, S. et al., eds.). John Wiley, New York, Chapter 5.2.
2. Oligonucleotide synthesis: methods and applications / edited by Piet Herdewijn. (Methods in molecular biology ; 288). ISBN 1-58829-233-

カスタム環状DNA、RNA合成サービスの具体例

バイオシンセシス社のカスタムDNAおよびカスタムRNA合成サービスは、様々な研究ニーズを満たすために多くのオプションを提供しています。お客様にご満足いただけるよう、ISO品質管理システムを導入しています。

Case Study

Sequence:91 base DNA Synthesis

TTC ACA GAG GAA GGG CCA GTA TCC TGT CCA AAC TTG ATG CTC CGG T CGT TTA GCA TAC TAA TCT GAG AGT CCG ACG GTC GTC AGT CAG TCA
Denaturing gel results:
Denaturing gel results electrophoresis
ESI Mass Spectra:
Linear 91 mer ssDNA, target MW: 28128.1, observed MW: 28126.9
ESI Mass Spectra
Circular 91 mer ssDNA, target MW: 28110.1, observed MW: 28111.1
ESI Mass Spectra

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    塩基の表記例

    • DNA bases: A, G, C, T

    • RNA bases: rA, rG, rC, rU

    • 2'-O-methyl RNA bases: mA, mG, mC, mU

    • 2' Fluoro RNA bases: fA, fG, fC, fU

    • Phosphorothioate bond: *

    配列の表記例

    • DNA, PS = 5′ T*C*A*T*G*C*G*A*T*A*T*G*T*C*C*A*T*C*G*A 3′

    • DNA/RNA mix, PS/PO chimera = 5′ T*G*G*TGCrGArArATGTCCAT*C*G*T 3′

    • 2′OMe/DNA chimera, PS = 5′ mU*mC*mC*mU*mG*C*G*A*A*A*T*G*T*C*C*mA*mU*mC*mG*mU 3′


    P.S.Ultra SUltra 1Ultra 2G.R.左記規格以外のDNARNA分からない・その他(キメラ等)


    ゲルろ過(脱塩)カートリッジ(OPC)HPLCPAGEその他・おまかせ・相談


    1248その他

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