NanoLCを使ったMALDI TOF/MS向けプロテオミクス

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ナノLC/MSを使ってプロテオミクス

Proteomics (Protein identification and De Novo sequencing service with NanoLC & MS)

1. N末1残基情報を加味したPMF (ペプチドマップフィンガープリント)

NanoLC Online Blotting & Gas phase Edman Degradation for MALDI TOF/MS
これほど確かなPMF結果はありません。何せN末情報が加味されるのですよ!!

NanoLC online blotting & MALDI plate

酵素消化された蛋白質断片はNanoLCで分離、自動的にMALDIのセラミックターゲットプレートにブロット、これを、気相反応装置にセットし、N末1残基の切断反応へ。
反応後、MALDI測定、オリジナルペプチドとN末が1残基切断されたペプチドの二つのラダーピークを検出、これらの質量差がN末アミノ酸の質量に対応します。

1295 (アンジオテンシン)がオリジナルのペプチド、1180がN末1残基を切断されたペプチド
サービス 参考料金
トリプシンによるゲル内消化料金 31,500円
NanoLC Online Blotting 52,500円
気相反応 52,500円
MALDI-TOF/MS & Data Base search 52,500円
NonoLC Online Blotting、気相反応を委託し、酵素消化、測定は自分のTOF/MSでというケースも可能です。

2. O18水を使った酵素消化法とDeNovo sequencing

O18水使用の効能

酵素消化をO18水で行うと、生じたペプチドのC末端カルボキシル基にはO18が入り込みます。
通常の水 (O16)とO18水を半量ずつ混ぜて酵素反応を行えば、質量差が2ある同一シーケンスのペプチドを半量ずつ生成させることになります。
これらは、HPLCにかけると、同じリテンションタイムに溶出されます。
質量分析装置では同じ時間に、質量差が2ある二つのイオンとして検出されます、したがって、これらのペプチドは容易に識別されます。
MS/MS測定では、同じカルボキシル基をもつyイオン群を上のように判定できますから、yイオンの同定が確実なものとなり、それを基にしたシーケンス情報は信頼が高まります。

さらにN末情報を!気相反応装置を使ってDeNovoへ挑戦

MALDI TOF/MSでのMS/MS測定を行う場合、気相反応装置でN末1残基情報を得られるメリットは計り知れないものがあります。O18水の併用でDeNovoシーケンシングがより現実的になります。

サービス 参考料金
O18水を使ったトリプシン酵素消化 (ゲル内) 52,500円
NanoLC online Blotting 52,500円
気相反応 52,500円

MS/MS測定は自分のところでやっていただくサービスです。


3. マーカー蛋白質の発見

研究プロジェクトへの参加で、高度な技術を要するルーチンワークの代行、またはメソドロジー開発など研究者の手の抜けない仕事を分担、もしくは、全面的に請負アシストします。

特にマーカー蛋白質検索に関わるプロジェクトには、O18、O16水を酵素消化で使い、存在比の著しく異なる蛋白質をO18、O16の存在比から数値化して判定できる”Isomatch-web“を使って貢献できます。



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